Здравствуйте!
Было бы неплохо перейти на ветку MySQL 5.1, поскольку там есть значительные улучшения производительности. Она же в настоящий момент именно эта ветка является поддерживаемой, в отличие от устаревшей 5.0. Также в таком случае можно будет воспользоваться различными Percona/MariaDB с еще большей производительностью. Сейчас размер базы составляет около 7 ГБ, вопрос производительности очень актуален.
Еще переведите в коде программы названия всех таблиц/столбцов/ключей в нижний регистр, я споткнулся на этом в регистрозависимой MySQL под *nix.
admin ( а ) vtrek.ru